scRNA-seq scRNA-seq解析：差次的発現（DE）― マーカー検出と条件間比較（pseudobulk）を使い分ける
📚 この記事について：「scRNA-seq解析 実践シリーズ」下流解析編。差次的発現（differential expression, DE）には性質の異なる2つのタスクがあり、混同すると誤った結論につながります。両者の使い分けと、条件間比...
scRNA-seq
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scRNA-seq scRNA-seq解析：下流解析の全体像
📚 この記事について：「scRNA-seq解析 実践シリーズ」下流解析編の全体像です。前処理（QC・正規化・統合）とアノテーションを終えたデータから、どんな生物学的問いに、どの解析で答えるかの地図を示します。各解析の詳しい使い方は、この後の...
scRNA-seq scRNA-seq解析の土台：AnnDataのデータ構造をリレーショナルDBの発想で理解する
📚 この記事について：「ツール解説」シリーズ。Python の scRNA-seq 解析（Scanpy・scvi-tools など）の中心データ構造 AnnData を、まず身近な例（増え続けるデータをどう管理するか）から直感的に説明し、最...
scRNA-seq scVIだけじゃない：scvi-tools の全体像 ― どのモデルをいつ使うか
📚 この記事について：「ツール解説」シリーズ。scvi-tools は「scVI という1つのツール」ではなく、共通の枠組みに乗った"モデル群"です。初心者がつまずきやすい「結局どれを使うのか」を、データの種類ごとに整理します。scVI 単...
scRNA-seq scRNA-seq解析：マーカー遺伝子データベースで細胞型を自動アノテーション（scType）
📚 この記事について：「scRNA-seq解析 実践シリーズ」アノテーション編。自動アノテーションの第1回、マーカー遺伝子データベース型を、代表ツール scType の実コードで解説します。あわせて「調べると他のツールが多くて迷う」を防ぐた...
scRNA-seq scRNA-seq解析：大規模言語モデル（LLM）で細胞型を自動アノテーション（GPTCelltype）
📚 この記事について：「scRNA-seq解析 実践シリーズ」アノテーション編・最終回。クラスタの上位マーカーを大規模言語モデル（LLM）に渡して細胞型を推定する方法を、GPTCelltype と Python での実装で解説します。手法全...
scRNA-seq scRNA-seq解析：基盤モデルで細胞型を自動アノテーション（scGPT／Geneformer）
📚 この記事について：「scRNA-seq解析 実践シリーズ」アノテーション編。巨大アトラスで事前学習した深層モデル（基盤モデル）でアノテーションする方法を、scGPT と Geneformer で解説します。手法全体の地図は アノテーショ...
scRNA-seq scRNA-seq解析：学習済みモデルで細胞型を自動アノテーション（CellTypist／Azimuth）
📚 この記事について：「scRNA-seq解析 実践シリーズ」アノテーション編。学習済みの分類器でラベルを転写する方法を、Python ネイティブの CellTypist と、参照マッピングの Azimuth で解説します。手法全体の地図は...
scRNA-seq scRNA-seq解析：参照データとの相関で細胞型を自動アノテーション（SingleR）
📚 この記事について：「scRNA-seq解析 実践シリーズ」アノテーション編。参照データとの相関で細胞型を割り当てる方法を、代表ツール SingleR（Python 実装）で解説します。手法全体の地図は アノテーション手法の全体像 を参照...
scRNA-seq scRNA-seq解析：手動による細胞型アノテーション（マーカー遺伝子の同定）
📚 この記事について：「scRNA-seq解析 実践シリーズ」の細胞型アノテーション編。本記事は手動アノテーション（最も信頼される基準）を、実際のコードで解説します。手法全体の地図は アノテーション手法の全体像 を参照。🔙 前の記事：アノテ...