scATAC-seq scATAC-seq の co-accessibility ─ 一緒に開くピークを繋ぐ
📚 この記事について下流解析の締めくくりです。細胞をまたいで一緒に開くピーク対を繋ぎ、遠位の制御領域と遺伝子を結びつけます（ATAC 単独で完結）。🔙 前の記事：差次的アクセシビリティ🔜 次のシリーズ：マルチオミクス（scRNA-seq +...
scATAC-seq
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scATAC-seq scATAC-seq の差次的アクセシビリティ ─ 開き方が違う領域を見つける
📚 この記事について下流解析の中心です。細胞型や条件のあいだで、開き方（アクセシビリティ）が有意に違うピークを統計的に見つけます。🔙 前の記事：scATAC-seq 下流解析の全体像🔜 次の記事：co-accessibility でピークを...
scATAC-seq scATAC-seq 下流解析の全体像 ─ 開いた領域から生物学を読む
📚 この記事についてscATAC-seq 下流解析ブロックの入口です。ATAC 単独で完結する2ルートを俯瞰し、発展先（GRN・マルチオミクス）への導線を示します。🔙 前の記事：モチーフ・TF活性解析🔜 次の記事：差次的アクセシビリティ📌 ...
scATAC-seq scATAC-seq のアノテーション③ モチーフ・TF活性解析 ─ 細胞型を駆動する転写因子を見る
📚 この記事について細胞型に名前を付けるのを補完し、その細胞型を「駆動している」転写因子を明らかにする解析です。🔙 前の記事：RNA参照からのラベル転移🔜 次の記事：scATAC-seq 下流解析の全体像📌 前提：ピーク行列と細胞型アノテー...
scATAC-seq scATAC-seq のアノテーション② RNA参照からのラベル転移
📚 この記事について注釈済みの scRNA-seq を参照に、細胞型のラベルを ATAC へ自動でコピーする方法です。古典（ingest）と AI（scANVI）を対比します。🔙 前の記事：遺伝子活性スコアでアノテーション🔜 次の記事：モチ...
scATAC-seq scATAC-seq のアノテーション① 遺伝子活性スコア ─ 開閉を発現の代わりに使う
📚 この記事についてアノテーションの最も基本のルートです。遺伝子まわりの開閉を「発現の代わり」にして、RNAと同じ作法で細胞型を付けます。🔙 前の記事：scATAC-seq のアノテーション全体像🔜 次の記事：RNA参照からのラベル転移📌 ...
scATAC-seq scATAC-seq のアノテーション全体像 ─ RNAなしで細胞型を決める
📚 この記事についてscATAC-seq アノテーションブロックの入口です。RNAが無い中で細胞型を決める3つのルートを俯瞰し、各手法へ橋渡しします。🔙 前の記事：scATAC-seq の統合・バッチ補正🔜 次の記事：遺伝子活性スコアでアノ...
scATAC-seq scATAC-seq のサンプル統合・バッチ補正 ─ Harmony と PeakVI
📚 この記事について複数サンプルをまとめる際に生じる実験差（バッチ）を補正します。古典（Harmony）と深層学習（PeakVI）を対比して選びます。🔙 前の記事：scATAC-seq の次元削減とクラスタリング🔜 次の記事：scATAC-...
scATAC-seq scATAC-seq の次元削減とクラスタリング ─ なぜ PCA ではないのか
📚 この記事についてほぼ二値・超スパースな行列を、細胞のまとまりが見える低次元表現に変える工程です。ツールごとに手法が違う点を正確に押さえます。🔙 前の記事：scATAC-seq のピークコール🔜 次の記事：scATAC-seq の統合・バ...
scATAC-seq scATAC-seq のピークコール ─ MACS3 で「開いた領域」を定義する
📚 この記事についてフラグメントが密集した「開いた領域」をピークとして定義する工程です。ピークはクラスタごとに呼ぶ、という点が要になります。🔙 前の記事：scATAC-seq のダブレット検出🔜 次の記事：scATAC-seq の次元削減と...