Multiomics

📚 この記事についてマルチオミクス統合シリーズの総括です。前処理から統合・GRN・下流解析まで、これまでの記事を1枚のフローにまとめ、「自分のデータでは何を使えばよいか」を判断できるようにします。各手法の詳細記事へも案内します。🔙 前の記事...

📚 この記事について下流ブロックの締めです。単一細胞の基盤モデル（scGPT・Geneformer）の仕組みと、マルチオミクスでの使いどころを扱います。評価が割れている分野なので、肯定・否定の両方の報告を示します。専門用語はその都度説明しま...

📚 この記事について下流解析ブロックの3本目です。RNA velocity をマルチオミクスに拡張する MultiVelo を扱います。クロマチンと転写のカップリングをモデル化し、細胞運命の予測を改善します。専門用語はその都度説明します。🔙...

📚 この記事について下流解析ブロックの2本目です。細胞「間」のやり取りを、リガンド → 受容体 → シグナル → 標的遺伝子の連鎖でモデル化する NicheNet を扱います。単なる L-R 共発現との違いも整理します。専門用語はその都度説...

📚 この記事についてGRN 推論スポークの締めです。LINGER で、atlas 規模の外部バルクを転移学習して single-cell multiome の GRN を作り、発現データだけから TF 活性・駆動 TF まで出します。専門用...

📚 この記事について下流解析ブロックの入口です。統合後の RNA から、事前知識（PROGENy の経路・CollecTRI/DoRothEA の TF）で経路活性・TF 活性を細胞ごとにスコアリングします。GRN ブロックで作ったネットワ...

📚 この記事についてGRN 推論スポークの3本目です。Dictys で、TF フットプリントに基づき、かつ軌跡に沿って時間変化する（動的）GRN を再構築します。SCENIC+ / CellOracle との違いも整理します。専門用語はその...

📚 この記事についてGRN 推論スポークの2本目です。SCENIC+ などで作った GRN（またはベース GRN）を使い、TF の摂動（KO / 過剰発現）が細胞状態をどう動かすかを、CellOracle で計算的にシミュレートします。専門...

📚 この記事についてGRN 推論スポークの本命です。マルチオミクスから、TF → エンハンサー → 遺伝子の「エンハンサー駆動 GRN（eGRN）」を SCENIC+ で組み立てます。専門用語はその都度説明します。🔙 前の記事：WNN（Se...

📚 この記事について統合スポークの3本目です。R（Seurat）でペア Multiome を統合する WNN の考え方と使い方、そして VAE 系（MultiVI / scGLUE）との使い分けを扱います。専門用語はその都度説明します。🔙 ...