RNA-seq KEGG_2021_Mouse は存在しない｜Enrichr・GSEApy の正しい設定
📚 この記事についてRNA-seq の発現変動解析で得た遺伝子リストを Enrichr・GSEApy にかけるとき、マウスでライブラリ名が通らない、あるいは名前を直しても結果が空になる場合の原因と対処をまとめた記事です。📌 前提：DESeq...
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RNA-seq RNA-seq解析入門⑥：発現変動解析編
📚 この記事についてシリーズの締めくくりです。条件間で発現が変化した遺伝子（DEG）を統計的に検定します。🔙 前の記事：RNA-seq解析入門⑤：カウント編🔜 次の記事：機能エンリッチメント・パスウェイ解析📌 前提：カウントマトリクス（co...
RNA-seq RNA-seq解析入門⑤：カウント編
📚 この記事について遺伝子ごとのリード数を集計し、発現変動解析の入力となるカウントマトリクスを作ります。🔙 前の記事：RNA-seq解析入門④：マッピング編🔜 次の記事：RNA-seq解析入門⑥：発現変動解析編📌 前提：STAR などで出力...
RNA-seq RNA-seq解析入門④：マッピング編
📚 この記事についてリードをゲノム上に対応づける工程です。RNA-seq ではスプライシングへの対応が要になります。🔙 前の記事：RNA-seq解析入門③：トリミング編🔜 次の記事：RNA-seq解析入門⑤：カウント編📌 前提：トリミング済...
RNA-seq RNA-seq解析入門③：トリミング編
📚 この記事についてクオリティチェックで見つかった問題を取り除く工程です。低品質な末端とアダプター配列を除去します。🔙 前の記事：RNA-seq解析入門②：クオリティチェック編🔜 次の記事：RNA-seq解析入門④：マッピング編📌 前提：F...
RNA-seq FastQC環境構築編（Linux環境・Conda版）
📚 この記事についてConda を使って FastQC を導入し、コマンドから動かせる状態にするまでの手順です。🔙 前の記事：RNA-seq解析入門②：クオリティチェック編🔜 次の記事：RNA-seq解析入門③：トリミング編📌 前提：Lin...
RNA-seq RNA-seq解析入門②：クオリティチェック編
📚 この記事について解析の最初のステップです。データが信頼できるかを確認し、次にトリミングが必要かどうかを判断します。🔙 前の記事：RNA-seq解析入門①：解析の全体フローとツール選びの考え方🔜 次の記事：RNA-seq解析入門③：トリミ...
RNA-seq RNA-seq解析入門①：解析の全体フローとツール選びの考え方
📚 この記事についてRNA-seq 解析シリーズの入口です。生データから DEG までの5ステップを俯瞰し、各ステップのツール選びの考え方を示します。🔜 次の記事：RNA-seq解析入門②：クオリティチェック編📌 前提：特別な前提知識は不要...