未分類 scRNA-seq解析：サンプル統合とバッチ補正 ― Harmony（GPU不要の古典的手法）
📚 この記事について：「scRNA-seq解析 実践シリーズ（前処理編）」の記事です。全体像と手法比較は「前処理の全体像とツール選択」を参照。本記事は統合（バッチ補正）の古典的手法 Harmony を扱います。コードは初めてでも追えるよう、...
未分類 未分類 scRNA-seq解析：データの読み込みと品質管理（QC）
📚 この記事について：「scRNA-seq解析 実践シリーズ（前処理編）」の記事です。全体像は「前処理の全体像とツール選択」を参照。本記事では、データの読み込みと「使えない細胞をはじく（QC）」を扱います。コードは初めてでも追えるよう、各ス...
未分類 scRNA-seqの前処理 入門 ─ 全体像と進め方をやさしく解説
📚 この記事について：「scRNA-seq解析（前処理編）」の入口です。まずは全体像をやさしくつかむための記事。専門用語は出てくるたびに説明します。各ステップの実際のコードは、末尾のリンクから個別記事へ。はじめに：そもそも「前処理」って何？...
未分類 JSONファイルとは何か・編集方法【Mac/Windows対応】
この記事では、ClaudeのMCP設定などで必要になる「JSONファイル」の基本と編集方法を解説します。ClaudeをカスタマイズするMCPの設定は、Claudeの拡張機能でMCPサーバーを選択することで設定する方法と、JSONファイルを直...
未分類 ターミナルの基本操作入門【Windows版】｜PowerShellとWSL2の使い方
この記事では、WindowsでClaudeのMCP設定やClaude Codeを使うために必要な「ターミナル」の基本操作を解説します。ターミナルとは何かターミナルとは、文字を入力してパソコンに命令を出すツールです。普段はマウスでアイコンをク...
未分類 バイオインフォマティクス分野で使えるMCPサーバー一覧【2026年版】
MCPの普及に伴い、バイオインフォマティクス・生命科学分野向けのMCPサーバーが続々と公開されています。この記事では、現時点で利用可能な主要なバイオインフォ系MCPサーバーをカテゴリ別にまとめて紹介します。💡この記事を読む前にMCPが何かを...
未分類 MCPとは何か？研究をもっと効率化するAIの使い方を解説
「MCP」という言葉を最近よく見かけるようになりましたが、「何のことかよくわからない」という方も多いのではないでしょうか。この記事では、MCPとは何か・なぜ必要なのか・どんなことができるのかを、プログラミングの知識がない方にもわかるようにゼ...
未分類 RNA-seq解析入門⑥：発現変動解析編
この記事では、カウントマトリクスをもとに「どの遺伝子が条件間で発現量が変化しているか」を統計的に検定する「発現変動解析」について解説します。DESeq2・edgeR・limma-voomの3ツールの特徴と使い分け、DESeq2を使った実践コ...
未分類 RNA-seq解析入門⑤：カウント編
この記事では、マッピング後のBAMファイルから遺伝子ごとのリード数を集計する「カウント」について解説します。BAMベースのfeatureCounts・HTSeq-countと、アラインメントフリーのSalmon・Kallistoの4ツールの...
未分類 RNA-seq解析入門④：マッピング編
この記事では、トリミング後のリードデータをゲノムに対応づける「マッピング」について解説します。HISAT2・STAR・Bowtie2・TopHat2の4ツールの特徴と使い分け、そしてSTARを使った実践コードの読み方まで、初学者にもわかりや...