未分類 シングルセル解析にどれくらいのマシンが必要か ─ メモリ・GPU・VRAM の決め方
📚 この記事について解析が手元のマシンで止まる原因を、メモリ・CPU・GPU の3つに分けて整理します。どの工程で何が足りなくなるのかを先に把握すれば、買うべきかどうか、買うなら何を優先すべきかを自分で判断できます。🔙 前の記事：scRNA...
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Claude Claude Science からラボの計算機を使う ─ SSH でジョブを投げる
📚 この記事についてClaude Science に、SSH で届く計算機（ラボのワークステーションや HPC のログインノード）を登録し、解析ジョブを投げられるようにする手順です。データを動かさずに、大きな計算だけ外へ出せます。📌 前提：...
Claude Claude Science を Windows に導入する ─ WSL2 で使えるようにするまで
📚 この記事についてAnthropic が2026年6月に公開した研究者向けアプリ「Claude Science」を、Windows で使えるようにするまでの手順書です。WSL2 の準備から、インストール・起動・サインインまでを扱います。📌...
Claude Claude Science を Mac に導入する ─ ダウンロードからサインインまで
📚 この記事についてAnthropic が2026年6月に公開した研究者向けアプリ「Claude Science」を、Mac で使えるようにするまでの手順書です。導入・サインイン・初期設定を経て、最初の解析を回すところまでを扱います。📌 前...
Claude Claude Science を Linux に導入する ─ ダウンロードからサインインまで
📚 この記事についてAnthropic が2026年6月に公開した研究者向けアプリ「Claude Science」を、Linux 環境で使えるようにするまでの手順書です。各手順には、筆者が実際に詰まった箇所とその抜け方を併記しています。📌 ...
RNA-seq KEGG_2021_Mouse は存在しない｜Enrichr・GSEApy の正しい設定
📚 この記事についてRNA-seq の発現変動解析で得た遺伝子リストを Enrichr・GSEApy にかけるとき、マウスでライブラリ名が通らない、あるいは名前を直しても結果が空になる場合の原因と対処をまとめた記事です。📌 前提：DESeq...
Multiomics マルチオミクス解析：どのデータで、どの手法を、どの順に使うか
📚 この記事についてマルチオミクス統合シリーズの総括です。前処理から統合・GRN・下流解析まで、これまでの記事を1枚のフローにまとめ、「自分のデータでは何を使えばよいか」を判断できるようにします。各手法の詳細記事へも案内します。🔙 前の記事...
Multiomics 基盤モデル（scGPT / Geneformer）─ 大規模事前学習は使えるのか
📚 この記事について下流ブロックの締めです。単一細胞の基盤モデル（scGPT・Geneformer）の仕組みと、マルチオミクスでの使いどころを扱います。評価が割れている分野なので、肯定・否定の両方の報告を示します。専門用語はその都度説明しま...
Multiomics MultiVelo でマルチオミクス RNA 速度 ─ クロマチンと転写のずれから運命を読む
📚 この記事について下流解析ブロックの3本目です。RNA velocity をマルチオミクスに拡張する MultiVelo を扱います。クロマチンと転写のカップリングをモデル化し、細胞運命の予測を改善します。専門用語はその都度説明します。🔙...
Multiomics NicheNet で細胞間相互作用 ─ リガンドから標的遺伝子までをつなぐ
📚 この記事について下流解析ブロックの2本目です。細胞「間」のやり取りを、リガンド → 受容体 → シグナル → 標的遺伝子の連鎖でモデル化する NicheNet を扱います。単なる L-R 共発現との違いも整理します。専門用語はその都度説...