Multiomics

📚 この記事について統合スポークの2本目です。非ペア（RNA と ATAC を別々の細胞集団で測ったデータ）を scGLUE で共通の潜在空間へ統合します。guidance graph が橋渡しの鍵です。専門用語はその都度説明します。🔙 前...

📚 この記事について統合スポークの1本目です。前処理済みのペアデータ（10x Multiome）を MultiVI で1つの共通の潜在空間へ統合し、可視化・クラスタリングまで進めます。専門用語はその都度説明します。🔙 前の記事：scATAC...

📚 この記事について前処理ブロックの ATAC 側です。ATAC 特有の QC・特徴づくり・ダブレット除去・次元削減を、最終的に統合（MultiVI / PeakVI）へ生カウントで渡すことを見据えたコードで進めます。専門用語はその都度説明...

📚 この記事について前処理ブロックの RNA 側です。QC・ダブレット除去・正規化・HVG 選択を、最終的に統合ツール（MultiVI / scVI）へ生カウントで渡すことを見据えたコードで進めます。専門用語はその都度説明します。🔙 前の記...

📚 この記事について前処理ブロックの最初の技術記事です。マルチオミクスを扱う土台となるデータ構造 ─ 単独解析で使う AnnData と、それを束ねる MuData / muon ─ を、実際のコードとともに理解します。専門用語はその都度説...

📚 この記事についてマルチオミクス・シリーズの前処理ハブです。RNA と ATAC を統合に載せるまでの前処理の全行程を1枚の地図として示し、各ステップの詳しい記事と、scRNA-seq・scATAC-seq の各シリーズへの入口になります...

📚 この記事についてマルチオミクス・シリーズの入口（ハブ）です。RNA と ATAC を統合する意味、統合の2つの型（ペア／非ペア）、その先の遺伝子制御ネットワーク（GRN）推論までの地図を示します。各手法の詳しい解説は個別の記事にあります...