MCPの普及に伴い、バイオインフォマティクス・生命科学分野向けのMCPサーバーが続々と公開されています。この記事では、現時点で利用可能な主要なバイオインフォ系MCPサーバーをカテゴリ別にまとめて紹介します。
💡 この記事を読む前に
MCPが何かをまだ知らない方は、先に「MCPとは何か？AIをもっと賢くする「接続の仕組み」をわかりやすく解説」をご覧ください。
⚠ 情報の鮮度について
バイオインフォ系MCPサーバーは現在も急速に増加・更新されています。この記事の情報は2026年4月時点のものです。最新状況はGitHubや各リポジトリで必ずご確認ください。
- ソースコードを必ず確認し、不審な処理がないかチェックする
- 個人情報・研究データ・機密情報を扱う環境では特に慎重に判断する
- 不要なMCPサーバーは削除しておく
- 本番環境・重要な研究パイプラインに組み込む前に動作を十分に検証する
- 使用するMCPサーバーのリポジトリをウォッチして更新情報を追う
- Augmented Natureなど民間企業が開発したツールは、企業の方針変更により公開が停止される可能性もある
カテゴリ別 バイオインフォ系MCPサーバー一覧
（GEOmcp） RNA-seq必須
NCBI GEOの遺伝子発現データセットを検索・取得・ダウンロードできるMCPサーバー。MCPmedプロジェクトが開発。
NCBI PubMedの3,600万件以上の文献を検索・取得できるMCPサーバー。MeSH用語検索にも対応。
PubMed・ClinicalTrials.gov・MyVariant.infoを統合した生医学研究向けMCPサーバー。
UniProtタンパク質DBへ接続する26種類のツールを備えたMCPサーバー。配列・機能・相同性解析が可能。
タンパク質相互作用ネットワークDBのSTRINGに接続。ネットワーク解析や機能エンリッチメント解析が可能。
GTExプロジェクトのデータに接続する25種類のツールを搭載。組織特異的な発現・eQTL解析が可能。
Gene Ontology（GO）データベースへのアクセスを提供。GOエンリッチメント解析や遺伝子アノテーションが可能。
（BLAST / SAMtools / BWA等） ツール自動化
BLAST・SAMtools・BWA・BCFtools・SeqKitなど定番バイオインフォツールをAIから直接実行できるMCPサーバー群。
単細胞RNA-seq解析ライブラリScanpyのMCPサーバー。自然言語でクラスタリング・UMAP可視化などを操作できる。
ゲノム情報取得ライブラリggetのMCPサーバー。Ensembl・NCBI・UniProt・BLASTなどへの統合クエリが可能。
タンパク質立体構造DB（PDB）に接続。構造の検索・座標取得・品質評価・リガンド情報の取得などが可能。
AlphaFoldタンパク質構造予測DBに接続。構造取得・pLDDT信頼度解析・バッチ処理などが可能。
分子可視化ソフトPyMOLをAI経由で操作するMCPサーバー。自然言語で構造の可視化・色付け・レンダリングを指示できる。
まとめ比較表
| MCPサーバー | カテゴリ | 主な用途 |
|---|---|---|
| GEO MCP | データベース | 発現データ取得 |
| PubMed MCP | 文献検索 | 論文検索・取得 |
| BioMCP | 医学DB統合 | 論文・臨床・変異 |
| UniProt MCP | タンパク質DB | タンパク質情報 |
| STRING MCP | 相互作用DB | ネットワーク解析 |
| GTEx MCP | 発現DB | 組織別発現解析 |
| GO MCP | 機能解析 | エンリッチメント解析 |
| Scanpy MCP | scRNA-seq | 単細胞解析 |
| gget MCP | ゲノムクエリ | 統合ゲノム検索 |
| PDB MCP | 構造DB | 立体構造取得 |
| AlphaFold MCP | 構造予測 | 構造予測取得 |
| PyMOL MCP | 可視化 | 分子可視化 |
まとめ
- バイオインフォ系MCPサーバーはデータベース系・ツール系・構造解析系の3カテゴリに大別できる
- RNA-seq解析との関連が高いのはGEO MCP・PubMed MCP・Bio-MCP群
- MCPmedプロジェクトがGEO・STRING・EMBL-EBIなど主要データベースのMCP化を推進している
- Bio-MCP群はBLAST・SAMtools・BWAなどのコマンドラインツールをAIから直接実行できる
- 分野全体として急速に拡大中であり、最新情報はGitHubで随時確認することを推奨する
次の記事：GEO MCPを使って遺伝子発現データの取得を自動化する具体的な手順を解説します。
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