Spatial transcriptome

📚 この記事について細胞型がどう配置されているかを調べる工程を扱います。割合で表されているために「近い」の意味が2つに分かれること、そして割合データ特有の制約が結論をどう歪めるかを整理します。🔙 前の記事：シーケンス型 空間トランスクリプト...

📚 この記事について空間的なパターンを持つ遺伝子を探す工程を扱います。高変動遺伝子との違い、2種類の空間パターン、そして細胞型の分布による交絡をどう外すかを整理します。🔙 前の記事：シーケンス型 空間トランスクリプトーム：空間ドメイン同定🔜...

📚 この記事について組織の領域を教師なしで切り出す工程を扱います。シーケンス型では、空間を入れる前から発現クラスタがドメインに近いという事情があります。そのうえで、空間を入れて何が加わるのかを整理します。🔙 前の記事：シーケンス型 空間トラ...

📚 この記事について細胞の中のどこに分子があったかを見る解析を扱います。この方式だけができることですが、同時に、切り方の精度に最も敏感な解析でもあります。進んでよいかの判断から説明します。🔙 前の記事：イメージング型 空間トランスクリプトー...

📚 この記事について組織の領域を、教師なしで切り出す工程を扱います。クラスタリングに空間を入れる3つの入れ方、細胞型とドメインが1つのパラメータでつながること、そしてニッチとの違いを整理します。🔙 前の記事：イメージング型 空間トランスクリ...

📚 この記事についてリガンド–受容体の解析に、空間の情報を加える方法を扱います。距離の制約が何を改善するのか、シグナルの種類で距離をどう変えるのか、そしてパネルという制約がここでどう効くのかを整理します。🔙 前の記事：イメージング型 空間ト...

📚 この記事について単一細胞解像度があるからこそできる、近傍の解析を扱います。近傍グラフの作り方が結論をどう変えるのか、置換検定の帰無仮説に何が隠れているのか、そして切り方の誤りがどう統計を歪めるのかを整理します。🔙 前の記事：イメージング...

📚 この記事についてセグメンテーションが済んだ細胞に、細胞型を割り当てる工程を扱います。デコンボリューションは要りませんが、代わりにパネルという制約が効いてきます。何が分けられて何が分けられないのかを、先に見極める方法を説明します。🔙 前の...

📚 この記事についてセグメンテーションが済んだあとの工程を扱います。面積という指標をどう使うのか、正規化で何が消えるのか、パネルが小さいときに特徴選択をどう考えるのかを整理します。これで前処理は完結します。🔙 前の記事：イメージング型 空間...

📚 この記事について分子をどの細胞に割り当てるかを決める、この方式の最大の判断を扱います。手法がどう分かれるのか、正解が無い中でどう評価するのか、そして純度という指標をどう自分で計算するのかを説明します。🔙 前の記事：イメージング型 空間ト...