Spatial transcriptome

📚 この記事について細胞に切る前、まだ1行が1分子の段階で行う QC を扱います。対照には複数の種類があり、それぞれ別の失敗を測っています。その違いを使うと、問題が化学にあるのか撮像にあるのかを切り分けられます。🔙 前の記事：イメージング型...

📚 この記事についてイメージング型のデータを読み込み、中身を理解するところまでを扱います。出力に含まれる4つの要素、行列に入っている分子と入っていない分子の違い、そして座標で気をつけることを整理します。🔙 前の記事：イメージング型 空間トラ...

📚 この記事についてイメージング型の前処理を、順番と理由の両方から通しで説明します。セグメンテーションを境に、扱うものが分子から細胞へ切り替わる。その前後で何が変わるのかを整理します。個別の手順は、ここから各記事へ分かれます。🔙 前の記事：...

📚 この記事についてイメージング型（1分子を顕微鏡で数える方式）の解析トラックの入口です。何が測れて何が測れないのか、なぜセグメンテーションがすべてを決めるのかを、地図として示します。個別の手順は、ここから各記事へ分かれます。🔙 前の記事：...

📚 この記事について細胞の境界を決めずに、分子の空間分布から直接、組織の構造を取り出す手法を扱います。FICTURE と Sainsc という性格の違う2つを比べながら、何が得られて何が失われるのかを整理します。この記事で、細胞型を割り当て...

📚 この記事についてStereo-seq のデータを、どの解析単位で扱い、どうやって細胞型を割り当てるかを説明します。bin の階層がレジームにどう対応するのか、cellbin はどう作られるのか、そして画像の品質がなぜ上限を決めるのかを整...

📚 この記事について2 µm ビンを細胞に組み立てたあと、その細胞にどう細胞型を割り当てるかを扱います。再構成した細胞はきれいな単一細胞ではないため、アノテーションとデコンボリューションのどちらを使うべきか、そして混入した細胞をどう見つける...

📚 この記事についてCurio Seeker（Slide-seq）や Stereo-seq の bin20 のような、1フィーチャに 1〜2 細胞しか入らないデータの扱いを説明します。なぜ doublet モードなのか、スパース性にどう対処...

📚 この記事について主要なベンチマーク3本を読み解き、なぜ結論が一致しないのかを説明します。そのうえで CARD・RCTD・Tangram の3手法を実際に動かし、何をもって手法を選ぶべきかを整理します。🔙 前の記事：シーケンス型 空間トラ...

📚 この記事についてcell2location を実際に動かします。2段階のワークフロー、自分で決めなければならない2つのハイパーパラメータ、そして結果をどう検証するかを、コードとともに追います。🔙 前の記事：シーケンス型 空間トランスクリ...