Spatial transcriptome

📚 この記事についてデコンボリューションが何を解いているのか、なぜ解けるのか、なぜ失敗するのかを、数式の中身から理解します。そのうえで、主要な手法がどこで分かれるのかを整理します。手法を選ぶ根拠が、ここで手に入ります。🔙 前の記事：シーケン...

📚 この記事について前処理が終わったフィーチャに、細胞型を割り当てる工程の全体像です。scRNA-seq のアノテーションと何が根本的に違うのか、どの手法を選ぶのか、結果をどう検証するのかを整理します。個別の手法は、ここから各記事へ分かれま...

📚 この記事について前処理の最後の工程です。なぜ空間データでは正規化が難しいのか、目的ごとにどの行列を渡せばよいのかを整理し、クラスタリングまで進めます。この記事で、シーケンス型の前処理は完結します。🔙 前の記事：シーケンス型 空間トランス...

📚 この記事についてサブセル解像度のデータを、どの単位で解析するかを決めます。カウントがどれだけ足りているのかを数字で確かめ、細胞に組み立てる場合は bin2cell や CellBin をどう使うかまでを扱います。🔙 前の記事：シーケンス...

📚 この記事について組織検出の確認から、QC 指標の計算、閾値の決め方までを扱います。scRNA-seq の QC をそのまま持ち込むと何が起きるのか、なぜそうなるのかを具体的に見ていきます。🔙 前の記事：シーケンス型 空間トランスクリプト...

📚 この記事についてシーケンス型のデータを読み込み、中身を理解するところまでを扱います。座標と画像がなぜズレるのか、SpatialData がそれをどう解決しているのかを、実際のコードで確認します。🔙 前の記事：シーケンス型 空間トランスク...

📚 この記事についてシーケンス型の前処理を、順番と理由の両方から通しで説明します。scRNA-seq の手順がそのまま使えるところと、持ち込むと壊れるところを、はっきり分けます。個別の手順は、ここから各記事へ分かれます。🔙 前の記事：シーケ...

📚 この記事についてシーケンス型（NGS で読み出す方式）の解析トラックの入口です。何が測れて何が測れないのか、どんな順番で解析するのか、最初に決めるべき分岐は何かを地図として示します。個別の手順は、ここから各記事へ分かれます。🔙 前の記事...

📚 この記事について空間トランスクリプトーム解析シリーズの入口です。2つの読み出し原理の違い、それぞれに固有の注意点、どちらを選ぶかの判断基準をまとめます。この記事のあと、シーケンス型とイメージング型それぞれの解説に分かれます。🔜 次の記事...