バイオインフォ系MCPサーバー完全ガイド【2026年６月版】

NCBI GEOの遺伝子発現データセットを検索・取得・ダウンロードできるMCPサーバー。MCPmedプロジェクトが開発。NCBI E-Utils APIを経由してGEOデータに接続する。

NCBI PubMedの3,600万件以上の文献を検索・取得できるMCPサーバー。MeSH用語検索・アブストラクト取得・引用情報の取得に対応する。

PubMed・ClinicalTrials.gov・MyVariant.infoを統合した生医学研究向けMCPサーバー。530以上のGitHubスターを持つ活発なプロジェクトで、MCPHub認証取得済み。

BioThings APIに接続するMCPサーバー。遺伝子・遺伝子変異・薬剤・分類情報など複数のオミクスデータに一括アクセスできる。

UniProtタンパク質DBへ接続する26種類のツールを搭載したMCPサーバー。配列・機能・相同性解析が可能。Augmented Natureが開発。

EMBL-EBIのタンパク質データベース群に接続するMCPサーバー。MCPmedプロジェクトが開発・管理する。UniProtと相補的な情報源として活用できる。

タンパク質相互作用ネットワークDBのSTRINGに接続するMCPサーバー。ネットワーク解析・機能エンリッチメント解析・比較ゲノミクスが可能。

GTExプロジェクトのデータに接続する25種類のツールを搭載したMCPサーバー。組織特異的な発現・eQTL解析が可能。

Gene Ontology（GO）データベースへのアクセスを提供するMCPサーバー。QuickGOと公式GO APIを通じてGOエンリッチメント解析・遺伝子アノテーションが可能。

医療情報の国際標準規格FHIR（Fast Healthcare Interoperability Resources）に対応したMCPサーバー。患者データの検索・取得・解析が自然言語で可能。SMART-on-FHIR認証対応。

NCBI BLASTによる配列類似性検索をAIから直接実行できるMCPサーバー。bio-mcpプロジェクトの主要サーバーの一つ。

SamtoolsによるBAM/SAMファイル操作をAIから直接実行できるMCPサーバー。マッピング結果の処理・統計取得・ソート・インデックス作成が可能。

BWAによる参照ゲノムへの配列マッピングをAIから直接実行できるMCPサーバー。RNA-seq・WGS解析のマッピングステップを自動化できる。

BCFtoolsによるバリアントコーリング・VCFファイル操作をAIから実行できるMCPサーバー。インテリジェントなツール検出機能を搭載。

SeqKitによるFASTA/FASTQファイルの操作・統計・フィルタリングをAIから実行できるMCPサーバー。配列データの前処理に活用できる。

Evo2 DNAランゲージモデルを使ってDNA配列の生成・解析が可能なMCPサーバー。ゲノム基盤モデルをAIから直接活用できる。

InterProタンパク質ドメイン・ファミリーデータベースへのアクセスを提供するMCPサーバー。タンパク質のドメイン構成・機能予測に活用できる。

単細胞RNA-seq解析ライブラリScanpyのMCPサーバー。自然言語でクラスタリング・UMAP可視化・細胞型アノテーションを操作できる。

ゲノム情報取得ライブラリggetのMCPサーバー。Ensembl・NCBI・UniProt・BLASTなどへの統合クエリが可能。longevity-genieが開発・維持。

複数のオミクスデータベースAPIへ接続するMCPサーバー。FastMCPで構築されたPython製サーバーで、コミュニティ貢献を歓迎するオープンなプロジェクト。

DBCLSが開発した生命科学向け統合MCPサーバー。RDFポータルが集約する約60の生命科学データベースに自然言語で一括アクセスできる。UniProt・PubChem・ChEMBL・PDB・Reactome・ClinVar・MeSHなど20以上のDBをSPARQLで横断検索できる唯一の統合エンドポイント。ローカル設定不要のリモートサーバー方式で即日利用可能。TogoIDエンジンにより65以上のDB間でIDを相互変換できる機能も内蔵。bioRxiv（Kinjo et al., 2026）に論文掲載済み。

老化・長寿研究データベースOpenGenesへアクセスするMCPサーバー。寿命延長に関連する遺伝子介入の実験データ・老化ホールマークとの関連情報を自然言語クエリで取得できる。データはHugging Face Hubから自動更新される。

長寿に関する遺伝子の相乗的・拮抗的相互作用データベースSynergyAgeへアクセスするMCPサーバー。老化研究における遺伝子間の複雑な相互作用を解析できる。

PubMed・arXiv・medRxiv・bioRxiv・chemRxivから論文とメタデータを横断的にスクレイピングできるMCPサーバー。MCPmedが管理するフォーク版。複数のプレプリントサーバーを一括検索できる。

タンパク質立体構造DB（PDB）に接続するMCPサーバー。構造の検索・座標取得（PDB/mmCIF形式）・品質評価・リガンド情報の取得が可能。

AlphaFoldタンパク質構造予測DBに接続するMCPサーバー。UniProt IDで構造取得・pLDDT信頼度解析・生物種別の構造ブラウジング・バッチ処理が可能。

分子可視化ソフトPyMOLをAI経由で操作するMCPサーバー。自然言語で構造の可視化・色付け・レンダリングを指示できる。論文用の構造図作成にも活用できる。

AMBER分子動力学シミュレーションスイートのMCPサーバー。PDB構造のリラクゼーション（構造最適化）をAIから実行できる。