scRNA-seq scRNA-seq解析：手動による細胞型アノテーション（マーカー遺伝子の同定）
📚 この記事について：「scRNA-seq解析 実践シリーズ」の細胞型アノテーション編。本記事は手動アノテーション（最も信頼される基準）を、実際のコードで解説します。手法全体の地図は アノテーション手法の全体像 を参照。🔙 前の記事：アノテ...
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scRNA-seq scRNA-seq解析：細胞型アノテーション手法の全体像 ― 手動アノテーションと自動アノテーション
📚 この記事について：「scRNA-seq解析 実践シリーズ」の細胞型アノテーション編、その入口（地図）です。アノテーションには手動と自動があり、自動はさらに5系統に分かれます。本記事で全体像と各手法のメリット・デメリットをつかみ、詳しい手...
scRNA-seq scRNA-seq解析：正規化・特徴選択・次元削減・クラスタリング
📚 この記事について：「scRNA-seq解析 実践シリーズ（前処理編）」の記事です。シリーズ全体像は 前処理の全体像とツール選択 を参照。前処理の中核4ステップ（正規化・特徴選択・次元削減・クラスタリング）を、「なぜそうするのか・どの選択...
scRNA-seq scRNA-seq解析：ダブレット（2細胞）の検出 ― SOLO（GPU必須のAIを使った手法）
📚 この記事について：「scRNA-seq解析 実践シリーズ（前処理編）」の記事です。全体像と手法比較は 前処理の全体像とツール選択 を参照。本記事はダブレット検出の AI 手法 SOLO（scVI を土台にする）を扱います。各ステップで「...
scRNA-seq scRNA-seq解析：ダブレット（2細胞）の検出 ― scrublet（GPU不要の古典的手法）
📚 この記事について：「scRNA-seq解析 実践シリーズ（前処理編）」の記事です。全体像と手法比較は 前処理の全体像とツール選択 を参照。本記事はダブレット検出の古典的手法 scrublet を扱います。各ステップで「何のために」を先に...
scRNA-seq scRNA-seq解析：サンプル統合とバッチ補正 ― scVI（GPU必須のAIを使った手法）
📚 この記事について：「scRNA-seq解析 実践シリーズ（前処理編）」の記事です。全体像と手法比較は 前処理の全体像とツール選択 を参照。本記事は統合（バッチ補正）の深層学習手法 scVI（single-cell variational...
scRNA-seq scRNA-seq解析：サンプル統合とバッチ補正 ― Harmony（GPU不要の古典的手法）
📚 この記事について：「scRNA-seq解析 実践シリーズ（前処理編）」の記事です。全体像と手法比較は 前処理の全体像とツール選択 を参照。本記事は統合（バッチ補正）の古典的手法 Harmony を扱います。コードは初めてでも追えるよう、...
scRNA-seq scRNA-seq解析：データの読み込みと品質管理（QC）
📚 この記事について：「scRNA-seq解析 実践シリーズ（前処理編）」の記事です。全体像は 前処理の全体像とツール選択 を参照。本記事では、データの読み込みと「使えない細胞を除く（QC）」を扱います。コードは初めてでも追えるよう、各ステ...
scRNA-seq scRNA-seqの前処理 入門 ─ 全体像と進め方をやさしく解説
📚 この記事について：scRNA-seq解析の「前処理」の全体像をつかむためのハブ記事です。各ステップの詳細は個別記事へリンクしています。専門用語は出てくるたびに説明します。🧩 前提：データ構造の土台として AnnDataのデータ構造 を先...
未分類 JSONファイルとは何か・編集方法【Mac/Windows対応】
📚 この記事について：Claude の MCP 設定などで必要になる「JSONファイル」の基本と編集方法を、はじめての方向けに解説します。専門用語はその都度説明します。🧩 前提：操作はターミナルではなくテキストエディタで行うので難しくありま...