scATAC-seq scATAC-seq 下流解析の全体像 ─ 開いた領域から生物学を読む
📚 この記事についてscATAC-seq 下流解析ブロックの入口です。ATAC 単独で完結する2ルートを俯瞰し、発展先（GRN・マルチオミクス）への導線を示します。🔙 前の記事：モチーフ・TF活性解析🔜 次の記事：差次的アクセシビリティ📌 ...
2026-07
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scATAC-seq scATAC-seq のアノテーション③ モチーフ・TF活性解析 ─ 細胞型を駆動する転写因子を見る
📚 この記事について細胞型に名前を付けるのを補完し、その細胞型を「駆動している」転写因子を明らかにする解析です。🔙 前の記事：RNA参照からのラベル転移🔜 次の記事：scATAC-seq 下流解析の全体像📌 前提：ピーク行列と細胞型アノテー...
scATAC-seq scATAC-seq のアノテーション② RNA参照からのラベル転移
📚 この記事について注釈済みの scRNA-seq を参照に、細胞型のラベルを ATAC へ自動でコピーする方法です。古典（ingest）と AI（scANVI）を対比します。🔙 前の記事：遺伝子活性スコアでアノテーション🔜 次の記事：モチ...
scATAC-seq scATAC-seq のアノテーション① 遺伝子活性スコア ─ 開閉を発現の代わりに使う
📚 この記事についてアノテーションの最も基本のルートです。遺伝子まわりの開閉を「発現の代わり」にして、RNAと同じ作法で細胞型を付けます。🔙 前の記事：scATAC-seq のアノテーション全体像🔜 次の記事：RNA参照からのラベル転移📌 ...
scATAC-seq scATAC-seq のアノテーション全体像 ─ RNAなしで細胞型を決める
📚 この記事についてscATAC-seq アノテーションブロックの入口です。RNAが無い中で細胞型を決める3つのルートを俯瞰し、各手法へ橋渡しします。🔙 前の記事：scATAC-seq の統合・バッチ補正🔜 次の記事：遺伝子活性スコアでアノ...
scATAC-seq scATAC-seq のサンプル統合・バッチ補正 ─ Harmony と PeakVI
📚 この記事について複数サンプルをまとめる際に生じる実験差（バッチ）を補正します。古典（Harmony）と深層学習（PeakVI）を対比して選びます。🔙 前の記事：scATAC-seq の次元削減とクラスタリング🔜 次の記事：scATAC-...
scATAC-seq scATAC-seq の次元削減とクラスタリング ─ なぜ PCA ではないのか
📚 この記事についてほぼ二値・超スパースな行列を、細胞のまとまりが見える低次元表現に変える工程です。ツールごとに手法が違う点を正確に押さえます。🔙 前の記事：scATAC-seq のピークコール🔜 次の記事：scATAC-seq の統合・バ...
scATAC-seq scATAC-seq のピークコール ─ MACS3 で「開いた領域」を定義する
📚 この記事についてフラグメントが密集した「開いた領域」をピークとして定義する工程です。ピークはクラスタごとに呼ぶ、という点が要になります。🔙 前の記事：scATAC-seq のダブレット検出🔜 次の記事：scATAC-seq の次元削減と...
scATAC-seq scATAC-seq のダブレット検出 ─ 2つの考え方と AMULET
📚 この記事についてscATAC-seq 前処理の任意ステップ、ダブレット（2細胞の混ざり）の検出です。ATAC 固有の原理と、2つの手法を扱います。🔙 前の記事：scATAC-seq の QC🔜 次の記事：scATAC-seq のピークコ...
scATAC-seq scATAC-seq の QC ─ TSS濃縮・フラグメント数・ヌクレオソーム周期で細胞を選ぶ
📚 この記事についてscATAC-seq 前処理の品質管理（QC）です。ATAC 固有の指標で低品質な細胞を除きます。🔙 前の記事：scATAC-seq のデータ読み込みとデータ構造🔜 次の記事：scATAC-seq のダブレット検出📌 前...