Multiomics WNN（Seurat・R）の位置づけ ─ R でペア Multiome を統合する
📚 この記事について統合スポークの3本目です。R（Seurat）でペア Multiome を統合する WNN の考え方と使い方、そして VAE 系（MultiVI / scGLUE）との使い分けを扱います。専門用語はその都度説明します。🔙 ...
2026-07
Multiomics 
Multiomics scGLUE で非ペアデータを統合 ─ guidance graph で橋渡し
📚 この記事について統合スポークの2本目です。非ペア（RNA と ATAC を別々の細胞集団で測ったデータ）を scGLUE で共通の潜在空間へ統合します。guidance graph が橋渡しの鍵です。専門用語はその都度説明します。🔙 前...
Multiomics MultiVI でペアデータを統合 ─ 10x Multiome を共通の潜在空間へ
📚 この記事について統合スポークの1本目です。前処理済みのペアデータ（10x Multiome）を MultiVI で1つの共通の潜在空間へ統合し、可視化・クラスタリングまで進めます。専門用語はその都度説明します。🔙 前の記事：scATAC...
Multiomics マルチオミクス解析：scATAC-seq 側の前処理 ─ 統合に向けて
📚 この記事について前処理ブロックの ATAC 側です。ATAC 特有の QC・特徴づくり・ダブレット除去・次元削減を、最終的に統合（MultiVI / PeakVI）へ生カウントで渡すことを見据えたコードで進めます。専門用語はその都度説明...
Multiomics マルチオミクス解析：scRNA-seq 側の前処理 ─ 統合に向けて
📚 この記事について前処理ブロックの RNA 側です。QC・ダブレット除去・正規化・HVG 選択を、最終的に統合ツール（MultiVI / scVI）へ生カウントで渡すことを見据えたコードで進めます。専門用語はその都度説明します。🔙 前の記...
Multiomics マルチオミクスのデータ構造 ─ AnnData から MuData / muon へ
📚 この記事について前処理ブロックの最初の技術記事です。マルチオミクスを扱う土台となるデータ構造 ─ 単独解析で使う AnnData と、それを束ねる MuData / muon ─ を、実際のコードとともに理解します。専門用語はその都度説...
Multiomics マルチオミクス前処理の全体像 ─ RNA・ATAC を統合に載せるまで
📚 この記事についてマルチオミクス・シリーズの前処理ハブです。RNA と ATAC を統合に載せるまでの前処理の全行程を1枚の地図として示し、各ステップの詳しい記事と、scRNA-seq・scATAC-seq の各シリーズへの入口になります...
Multiomics シングルセル・マルチオミクス解析の全体像 ─ 統合から遺伝子制御ネットワークまで
📚 この記事についてマルチオミクス・シリーズの入口（ハブ）です。RNA と ATAC を統合する意味、統合の2つの型（ペア／非ペア）、その先の遺伝子制御ネットワーク（GRN）推論までの地図を示します。各手法の詳しい解説は個別の記事にあります...
scATAC-seq scATAC-seq の co-accessibility ─ 一緒に開くピークを繋ぐ
📚 この記事について下流解析の締めくくりです。細胞をまたいで一緒に開くピーク対を繋ぎ、遠位の制御領域と遺伝子を結びつけます（ATAC 単独で完結）。🔙 前の記事：差次的アクセシビリティ🔜 次のシリーズ：マルチオミクス（scRNA-seq +...
scATAC-seq scATAC-seq の差次的アクセシビリティ ─ 開き方が違う領域を見つける
📚 この記事について下流解析の中心です。細胞型や条件のあいだで、開き方（アクセシビリティ）が有意に違うピークを統計的に見つけます。🔙 前の記事：scATAC-seq 下流解析の全体像🔜 次の記事：co-accessibility でピークを...