scRNA-seq scRNA-seq解析：手動による細胞型アノテーション（マーカー遺伝子の同定）
📚 この記事について：「scRNA-seq解析 実践シリーズ」の細胞型アノテーション編。本記事は手動アノテーション（最も信頼される基準）を、実際のコードで解説します。手法全体の地図は アノテーション手法の全体像 を参照。🔙 前の記事：アノテ...
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未分類 JSONファイルとは何か・編集方法【Mac/Windows対応】
📚 この記事について：Claude の MCP 設定などで必要になる「JSONファイル」の基本と編集方法を、はじめての方向けに解説します。専門用語はその都度説明します。🧩 前提：操作はターミナルではなくテキストエディタで行うので難しくありま...
未分類 ターミナルの基本操作入門【Windows版】｜PowerShellとWSL2の使い方
📚 この記事について：Windows で Claude の MCP 設定や Claude Code を使うために必要な「ターミナル」の基本操作を、はじめての方向けに解説します。専門用語はその都度説明します。🔜 次のステップ：JSONファイル...
未分類 MCPとは何か？研究をもっと効率化するAIの使い方を解説
「MCP」という言葉を最近よく見かけるようになりましたが、「何のことかよくわからない」という方も多いのではないでしょうか。この記事では、MCPとは何か・なぜ必要なのか・どんなことができるのかを、プログラミングの知識がない方にもわかるようにゼ...
RNA-seq RNA-seq解析入門⑥：発現変動解析編
📚 この記事についてシリーズの締めくくりです。条件間で発現が変化した遺伝子（DEG）を統計的に検定します。🔙 前の記事：RNA-seq解析入門⑤：カウント編🔜 次の記事：機能エンリッチメント・パスウェイ解析📌 前提：カウントマトリクス（co...
RNA-seq RNA-seq解析入門⑤：カウント編
📚 この記事について遺伝子ごとのリード数を集計し、発現変動解析の入力となるカウントマトリクスを作ります。🔙 前の記事：RNA-seq解析入門④：マッピング編🔜 次の記事：RNA-seq解析入門⑥：発現変動解析編📌 前提：STAR などで出力...
RNA-seq RNA-seq解析入門④：マッピング編
📚 この記事についてリードをゲノム上に対応づける工程です。RNA-seq ではスプライシングへの対応が要になります。🔙 前の記事：RNA-seq解析入門③：トリミング編🔜 次の記事：RNA-seq解析入門⑤：カウント編📌 前提：トリミング済...
RNA-seq RNA-seq解析入門③：トリミング編
📚 この記事についてクオリティチェックで見つかった問題を取り除く工程です。低品質な末端とアダプター配列を除去します。🔙 前の記事：RNA-seq解析入門②：クオリティチェック編🔜 次の記事：RNA-seq解析入門④：マッピング編📌 前提：F...
RNA-seq FastQC環境構築編（Linux環境・Conda版）
📚 この記事についてConda を使って FastQC を導入し、コマンドから動かせる状態にするまでの手順です。🔙 前の記事：RNA-seq解析入門②：クオリティチェック編🔜 次の記事：RNA-seq解析入門③：トリミング編📌 前提：Lin...
RNA-seq RNA-seq解析入門②：クオリティチェック編
📚 この記事について解析の最初のステップです。データが信頼できるかを確認し、次にトリミングが必要かどうかを判断します。🔙 前の記事：RNA-seq解析入門①：解析の全体フローとツール選びの考え方🔜 次の記事：RNA-seq解析入門③：トリミ...